（一）现行农产品加工业税收政策的主要内容

当前我国并没有专门制定针对农产品加工业的税收政策，现行的税收政策在扶持农产品加工业发展方面所起的促进作用，主要是通过国家有关部门制定的一些优惠政策来体现的。主要有2000年10月农业部等八部委制定的《关于扶持农业产业化重点龙头企业的意见》，2002年11月国务院办公厅印发的《关于促进农产品加工业发展的意见》，2003年11月国务院发布的《关于改革现行出口退税机制的决定》，2004年与2005年中央1号文件中规定的农产品加工业政策等。这些政策概括起来主要集中体现在增值税、企业所得税等税种中，在其他的小税种中涉及的比较少，本文在此不做阐述。

1. 增值税相关政策

(1)免征增值税。“对农业生产者销售的自产农业产品免征增值税。”[1]对从事销售农产品的个体工商户实行起征点制度。规定“自2004年1月1日起，对于销售水产品、畜牧产品、蔬菜、果品、粮食等农产品的个体工商户，以及以销售上述农产品为主的个体工商户，其起征点一律确定为月销售额5000元，按次纳税的，起征点一律确定为每次（日）销售额200元。以销售农产品为主是指纳税人月(次)农产品销售额与其他货物销售额的合计数中，农产品销售额超过50%(含50%)，其他货物销售额不到50%。”[2]

(2)对属于国家税务总局制定的《农业产品征税范围注释》内的农产品适用13%的低税率，不属于的适用17%的税率。

(3)提高农产品进项税抵扣率。“对增值税一般纳税人购进农业生产者销售的免税农业产品或向小规模纳税人购买的农业产品，凭收购凭证上注明的金额乘以13%的抵扣率来计算抵扣税款。”[3]

(4)对家禽行业的政策优惠。“自2006年7月1日至2006年l2月31日，对属于增值税一般纳税人的家禽加工企业和冷藏冷冻企业加工销售禽肉产品实行增值税即征即退政策，并免征城市维护建设税和教育费附加。”[4]

(5)对茶叶的政策优惠。“自2006年1月1日起至2008年12月31日止，对国家定点企业生产的边销茶及经销单位销售的边销茶免征增值税。”[5]

2. 企业所得税相关政策

(1)农业初加工收入免税。“国有农口企事业单位从事种植业、养殖业和农林产品初级加工取得的所得，暂免征收企业所得税。国有农场、林场所得免税。对边境贫困地区列名的166个国有农场和442个国有林场的生产经营所得和其他所得，暂免征收企业所得税。”[6]

(2)农牧业技术特许权使用费减税。“外国企业为农牧业生产等提供专有技术所取得的特许权使用费，经国务院税务主管部门批准，可以减按10%的税率征收所得税。其中，技术先进或者条件优惠的，可以免征所得税。”[7]

(3)农业投资减免税。“对从事农业、林业、牧业的外商投资企业，经营期在10年以上的，从开始获利年度起，第1--2年免征企业所得税，第3--5年减半征收企业所得税。优惠期满后，经国务院税务主管部门批准，在以后的10年内，可继续按应纳税额减征15%--30%的企业所得税。”[8]

(4)林业所得免税。“从2001年1月1日起，各类企事业单位种植林木、林木种子和苗木作物以及从事林木产品初加工取得的所得，免征企业所得税。”[9]

(5)农业产业化重点龙头企业免税。“从2001年1月1日起，对国家认定为农业产业化的重点龙头企业和其所属直接控股比例超过50%以上的子公司，从事种植业、养殖业和农林产品初加工取得的收入，与其他业务分别核算的，经主管税务机关审核批准，可暂免征企业所得税。”[10]

 (6)农产品初加工免税。“对重点农产品加工骨干企业从事种植业、养殖业和农产品初加工所得，3-5年免征企业所得税。”[11]

(7)为贯彻中共中央、国务院有关促进农业产业化经营、重点扶持一批龙头企业的精神，2000年10月，农业部、国家税务总局等部门发出《关于扶持农业产业化经营重点龙头企业的意见》，规定：“农业产业化经营重点龙头企业从事种植业、养殖业和农林产品初加工业取得的所得，暂免征收企业所得税；企业研究开发新产品、新技术、新工艺所发生的各项费用，可以按照有关规定在税前扣除。”[12]

(8)2001年4月，国务院印发了《农业科技发展纲要（2001-2010年）》，规定：“一是社会力量资助非关联的农业科技机构和高等学校研究开发新产品，其资助额可以全额在当年应纳税所得额中扣除；二是农业企业从事技术创新的费用，可以全额计入生产成本；三是转为企业的农业科技机构，自转制之日起，5年内免征企业所得税和科技开发自用土地的城镇土地使用税；四是农业科研单位通过农业技术成果转让、技术培训、技术咨询、技术服务、技术承包取得的技术性收入5年内免征企业所得税；五是农业科研单位取得的技术转让收入免征营业税。”[13]

(9)为鼓励企业加大投资力度，促进产品结构调整和经济稳定发展，对在我国境内投资于符合国家产业政策的技术改造项目的企业(包括农产品加工业)，其项目所需国产设备投资40%可从企业技术改造项目设备购置当年比前一年新增的企业所得税中抵免。[14]

(10)对家禽行业的政策优惠。“对家禽养殖(包括种禽养殖)、加工和冷藏冷冻企业进行家禽养殖(包括种禽养殖)、加工和冷藏冷冻所取得的所得免征2006年度企业所得税。对企业由于禽类扑杀所取得的财政专项补助，免征企业所得税；对上述企业由于禽类扑杀所造成的净损失，允许其在所得税前全额列支。”[15]

    (11)其他优惠。如技术开发费加计扣除等。

3. 关税相关政策

(1)对农产品加工产品出口退税的政策。“国家按5%或13%的退税率予以退还。对现行出口退税率为5%和13%的农产品，以及现行出口退税率为13%的以农产品为原料加工生产的工业品维持现行出口退税率不变。对小麦粉、玉米粉、分割鸭、分割兔等货物的出口退税率，由5%上调到13%，在一般产品出口退税率整体下降的情况下，对农产品加工产品退税率高的仍旧保持不变。”[16]

(2)对进口加工设备的政策支持。“农产品加工企业引进技术和进口农产品加工设备，对符合国家高新技术目录和国家有关部门批准项目的农产品加工设备，免征关税和进口环节增值税。”[17]

(3) 渔用设备免税。“为支持远洋渔业发展，对远洋渔业企业进口国内不能生产制造的渔用设备，如渔船、轮机及甲板设备、冷冻设备、船用加工机械设备、船用通讯设备等，免征进口环节增值税。”远洋渔业产品免税。“远洋渔业企业的渔船在公海或国外海域捕获，并运回国内销售的自捕水产品及其加工制品，免征关税、进口环节增值税。”[18]

(4)《关于扶持农业产业化经营重点龙头企业的意见》中规定：“符合有关规定进口的农产品加工设备，进口时免征关税、进口环节增值税。”[19]

(5)国务院印发的《农业科技发展纲要（2001-2010年）》规定：“直接用于农业科研、试验的进口仪器、设备，免征关税、进口环节增值税。”[20]

（二）现行农产品加工业税收政策的缺陷与不足

1. 增值税政策中存在的问题

(1)抵扣率设计不科学，存在着“低征高扣”或“高征低扣”的问题。现行增值税政策对农产品加工企业征税规定因加工程度而异。为方便讨论，在此我们简单定义企业外购初级农业产品生产、加工后销售的产品仍然属于财政部、国家税务总局《农业产品征税范围注释》中所列征税农业产品的为初级加工，其他的为深加工。这两类企业在原材料----农产品的取得方式上，既有从农产品收购、加工企业处购进，也有自行向农业生产者收购的部分。凡属增值税一般纳税人的，以从农产品收购、加工企业取得的增值税专用发票（供货方为增值税一般纳税人）、普通销售发票（供货方为小规模纳税人）或自行开具的农产品收购发票（供货方为农业生产者）作为进项税额抵扣凭证，以增值税专用发票注明的税额或普通销售发票、农产品收购发票上注明的金额乘以13%的抵扣率计算抵扣税款，并分别按产品的适用税率计算纳税。由于增值税专用发票开具的是不含税金额，而普通销售发票和农产品收购发票上注明的是含税金额，因而客观上造成企业支付相同的货款，凭农产品收购发票、普通销售发票抵扣的增值税进项税额高于凭增值税专用发票抵扣的进项税额。由于含税金额与不含税金额之间的差异造成了初加工企业事实上的较低税负，致使农产品初加工企业与深加工企业的税收待遇不一致，深加工企业因“高征低扣”而承担了较高的税负。

对农产品收购企业和初加工企业存在“低征高扣”的问题。对于加工出来的产品属于国家税务总局印发的《农业产品征税范围注释》中所列项目的农产品实行13%的低税率。增值税一般纳税人销售初级农产品增值税税率为13%，进项税额抵扣率也是13%，由于进项税额是依农产品收购凭证上注明的购进农产品金额乘以13%来计算的，销项税额却是依照不含税销售额乘以13%计提。即使本环节没有实现增值，即原价进、原价出，也会出现1.5% ［卖价／(1+13%)×13%-购进农产品买价×13%］的增值税留抵税额(以下讨论均为含税价)。而要实现有税可缴，必须要求［卖价／(1+13%)×13%］＝［购进农产品买价×13%］，此时卖价＝1.13×买价。也就是说企业要实现13%的毛利率，才会有税可缴。而当前我国企业的毛利率通常都不高, 对农产品加工企业而言，大多是一些从事简单加工的、低附加值的企业，基本上属于微利企业，甚至是亏损企业，其毛利率根本达不到那么高的水平。这样，销项小，进项大，就形成了大额的增值税留抵税额。如果考虑电费、包装物及运输费用等其它可以抵扣的外购项目的进项税额，企业的毛利率还要相应提高才能实现增值税的应纳税额。因此，提高农产品进项税抵扣率后对增值税的影响很大。

对农产品深加工企业存在“高征低扣”的问题。对于加工出来的产品不属于《农业产品征税范围注释》中所列征税农业产品的，适用17%的税率征税，而其原材料大多是税率为13%的农产品，又存在着“高征低扣”的影响。在不考虑人工等费用情况下，即使本环节没有实现增值，即原价进、原价出，也会缴纳1.53% ［卖价／(1+17%)×17%-购进农产品买价×13%］或者3%［卖价／(1+17%)×17%-买价／(1+13%)×13%］的增值税。以农产品为原料的深加工环节按17%的税率征税，按13%的抵扣率抵扣进项税额，增加了以农产品为原材料的深加工企业的增值税负担。这就造成农产品深加工企业的税负高于一般工业企业，不利于农产品深加工企业的生存发展，阻挠了投资者进入这一领域，制约整个农业生产的健康发展，最终将影响到整个国民经济的增长速度。

这种差异表明了农产品增值税抵扣政策设计不尽科学，客观上造成了税负不一致，从而形成了在初加工环节事实上的增值税补贴，在深加工环节却加重税收负担，是明显有悖税收公平的。

(2)抵扣条件不严格。现行增值税进项税额抵扣制度实行的是购进扣税法，即对增值税一般纳税人取得的增值税专用发票实行当月认证当月抵扣，对非增值税专用发票实行原材料入库后申报抵扣制度，购进扣税法为部分企业利用收购凭证偷逃税款提供了政策上的便利。按照一般的经营规则，在一笔购销业务实现后，销售方开具增值税专用发票形成销项税额，购货方取得增值税专用发票形成进项税额，购销双方形成了经济利益上的制约关系。而在农产品收购环节，由于农业生产者无法提供扣税凭证，国家为保证增值税链条的完整，规定由购货方自行开具收购凭证，既作为支付货款的凭证，又作为抵扣税款的凭证，实行自填自开，自行抵扣，从而割裂了购销双方的制约关系。再加上目前实行的金税工程，还没有将收购凭证纳入其中进行管理，仍游离于金税工程的监控之外，损害了增值税内在的监控机制，对增值税税制产生了巨大的冲击。

(3)自产农产品难确认。在我国，对农业生产者生产销售的自产农产品，以前是要纳农业税的，但自2006年起，由于已取消农业税，不再有任何的税收负担，也没有纳入增值税的征税范围。但对进入二次流通和加工领域的农产品却是要征收增值税的。为保证增值税链条的相对完整，允许增值税一般纳税人购进农业生产者销售的免税农业产品或向小规模纳税人购买的农业产品，凭收购凭证上注明的金额乘以13%的抵扣率来计算抵扣税款。在税收征管工作中，税务机关难以准确区分农产品加工企业收购的农产品是农业生产者自产的还是农民在农闲时从事贩运的，再加上对从事农产品贩运的纳税人又有起征点的税收优惠，这些都增加了税收征管难度。虽然有些地方的税务部门为了加强控管，要求出售农产品的单位和个人提供自己的身份证明，证明是自己自产的农产品。由于配套的相关规定不明确，要求收购者提供的证明资料，造假非常简单。例如要求提供出售者的身份证复印件，身份证都可以造假，复印件就更不必说了；另一方面，一些偏远地区找台复印机都很困难，非要求纳税人提供身份证复印件，他们只好造假。在基层工作实践中，税务部门往往因此放弃对农业生产者从事贩运农产品的税收管理，造成一定程度的税收流失，也显示出税收政策的不严密。

(4)自行开具收购发票抵扣税款的办法不便于税收管理。第一，收购凭证的格式和内容，全国没有统一规定，由各地税务机关自行设计、印刷，无任何防伪标记。由于开具、使用和收购对象的特殊性，税务机关不可能象对增值税专用发票那样严格对其加强管理。第二，收购发票由收购者自行开具，税务机关对供货方的身份难以确定，收购者从无证经营户中购进或从经营单位中购进农业产品，在数量上、价格上大做文章。由于所收购的农业产品涉及全国各地，税务部门要对有疑问的收购发票进行调查核实很不现实。第三，对违规处罚缺少依据。对收购发票的违规处罚比照《中华人民共和国发票管理办法》的有关规定处理，处罚力度不大，起不到威慑的作用。如果按《中华人民共和国税收征收管理法》第五章第六十三条关于偷税的定义来认定，似乎只是和“在账簿上多列支出”比较相近，但从法理上理解，这一条应该理解为通过这种手段造成少缴企业所得税的后果，如果理解为少缴增值税则有些牵强。
        (5)农民为生产农产品购进生产资料的税款不能抵扣。农业生产者从事农业生产所需要的农业生产资料属于增值税征税范围，但对农业生产者销售自产农产品免征增值税。为体现对农业的扶持，财政部、国家税务总局以规范性文件的形式规定对部分农业生产资料实行免税措施。具体的优惠措施分为两个方面：一是在生产销售环节，对饲料、农膜、部分品种的化肥、农药免征增值税；二是在批发和零售环节对种子、种苗、化肥、农药、农机免征增值税。除此之外的农业生产资料，一律照章征收增值税。由于农业仍被排除在增值税征税范围之外，农业生产者负担的购进农业生产资料产品加工环节转移过来的增值税税款得不到抵扣，农业和农民承担了较高的税负。

(6)税收负担不平衡。在农产品经营行业，纳税人虽然都是从事同样的经营活动，但由于税收政策的原因，在一些特殊的应税情况下，税负具有很大差异。

一是纳税人在身份不同的情况下，税收负担有差异。现行增值税制度按财务核算水平和生产经营规模，将增值税纳税人划分为一般纳税人和小规模纳税人。对一般纳税人按规范化的增值税抵扣机制计税，对小规模纳税人按简易办法(直接用销售额乘以征收率)计税，这是适应当时税制改革时经济发展与税制建设客观要求的。从纳税人的角度看，部分小规模纳税人由于财务核算能力有限，只能选择按简易办法征税；从税收公平和效率原则考虑，对部分小规模纳税人选择按简易办法征税，也显得更为合理。但这一政策在农产品加工业中却存在着很大的问题。如从事农副产品加工的棉花和粮食加工厂，规模越大税负越低，规模越小税负越高。这是因为规模大的企业，财务核算水平相对健全一些，经批准办成了一般纳税人，几乎没有什么税可交。

二是免税行为视同应税行为的情况下，税收负担有差异。《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条规定：“纳税人用于免税项目的购进货物或者应税劳务，其进项税额不得从销项税额中抵扣。”[21]《实施细则》中规定：“对免税产品，按其销售额占全部产品销售额的比例按月或按年分摊，做进项税额转出。”[22]农产品在加工过程中会生产出一些免税产品，如在油脂加工企业，其生产的棉粕、菜粕等就属于免税产品，可以不纳增值税。但是抵扣率提高以后，许多纳税人不将这部分用于免税项目购进货物的进项税额转出，而是将这部分收入视为应税收入，计提增值税销项税额，从而达到少缴税的目的。对纳税人的这种行为，税务部门将它认定为偷税却苦于政策依据不足，不能认定为偷税。说没有偷税吧，可纳税人又实实在在地造成了少缴税款的事实。

三是凭专票抵扣税款和凭普票抵扣税款的情况下，税收负担也有差异。由于增值税普通发票和增值税专用发票同样具有抵扣税款的功能，前面我们也分析了，用增值税普通发票可以多抵1.5%的税款，因此有些纳税人向增值税一般纳税人购进农产品，不要求对方开具增值税专用发票，而是要求对方开具增值税普通发票进行抵扣税款。利用增值税普通发票做文章，进行偷税。

(7)生产型增值税抑制了农产品加工企业的发展。我国实行的是生产型增值税，只允许企业抵扣购进原材料的进项税额，对购进固定资产所取得的进项税额不允许抵扣，存在着对资本品重复征税的问题，影响了农产品加工企业采用先进技术更新改造设备的积极性。尤其对资本密集度与技术密集度都很高的从事农产品深加工的企业危害很大，导致资本有机构成越高增值税税负越重的后果，抑制了企业自我发展、自我创新的积极性，阻碍了企业的技术进步与产业升级，同时也影响了民间投资资金向这些领域的流动，阻碍了农产品加工企业整个产业结构的改善和提升。

(8)容易诱发税务违法案件的发生。在增值税专用发票涉税案件中，虚开增值税专用发票、虚开用于骗取出口退税、抵扣税款发票罪居于首要地位。但由于在农产品加工业中存在“低征高扣”或“高征低扣”的现象，再加上收购凭证是由纳税人自己开具自己抵扣的，从而使得这类涉税案件发案率有上升的势头。税收政策规定免税农产品的范围只是农业生产者自产自销的农产品，对商贩销售的农产品是要征税的，虽然有起征点的规定，但纳税人为了自己的利益，在明知是商贩的情况下，采取假借别人的名字来开具收购凭证，或者在数量上、金额上弄虚作假等，使税务部门防不胜防。另一方面由于大量留抵税额的存在，一些不法之徒便打起歪主意，做起虚开增值税专用发票的勾当。

2. 企业所得税政策中存在的问题

(1)内外资企业所得税制不统一。现行的所得税制实行的是内、外两套税制，即对内资企业来说，征收企业所得税，对外资企业来说，征收外商投资企业和外国企业所得税。其设立的初衷主要是为了顺应改革开放之初大规模吸引外资，走以优惠促开放道路的需要，通过以所得税为主的税收优惠以及对经济特区、沿海经济开发区等区域性优惠，形成多层次的吸引外资体系。平心而论，这种以所得税为主的多形式涉外税收优惠，为我国经济的发展带来了巨大的推动作用。但是随着市场经济体系的逐步建立与完善，以及加入WTO后形成的新形势，我国内外两套所得税制的弊端日益显现。首先从法理上讲，两套税制违背了WTO的国民待遇原则，即内外无差别原则，国民待遇原则原本是为了打破所在国为保护国内企业而对外来企业设立的贸易壁垒，而我国现行的所得税优惠反而是外国投资者享有比国内企业更多、更宽松、更优惠的税收政策，受到了超国民待遇。其次从公平与效率的原则出发，虽然引进外资给我国经济的发展带来了诸多贡献，但从现实情况看，我国经济要发展、产业要升级关键还在于自身。特别是在现阶段，要大力发展农业产业化，实行新农村建设，内外两套税制的实行却为这种努力人为地设置了障碍。从表面上看，内外企业的名义税率大体相当，基本使用33%的税率，但经过税基计算、资产处理的差别以及各种只适用于外资企业的特殊优惠政策后，外资企业的税负就远远低于内资企业。其三优惠形式单一，没有形成一系列的促进农产品加工业发展的产业导向政策，导致了对国内农产品加工企业严重的行业挤压。其四所得税会计核算不平等，相对于外资企业，内资企业的所得税税前费用列支标准过严，而对于外资企业的工资支出、广告费支出、公益救济性捐赠等支出费用的核算规定却非常宽松，基本都可据实列支，造成内资企业经营成本过高，自我发展动力严重不足；同时固定资产的折旧方式也过于陈旧，在绝大多数外资企业都已采用加速折旧的今天，内资企业却基本还在采用直线法等老办法，严重阻碍了企业更新改造设备的积极性，影响了企业产品层次的提高。

(2)财务费用扣除标准过高。现行政策规定，企业发生的财务费用扣除限额不能高于一般国有金融机构贷款利率水平，而在现实中农产品加工企业实际支付的贷款利息普遍高于规定的利息标准。这是由于农产品加工企业大多分布在农村，普遍存在流动资金较少的困难。由于农产品加工企业自有资金欠缺，自身积累不足，实力不强、资质信用等级不高，银行普遍存在惜贷心理，怕贷出去收不回来，而且银行只认可土地、房地产、机器设备等不动产作抵押，农产品加工企业寻找担保也难。为了弥补流动资金缺口，不得不通过高利率的地下融资市场，这又提高了企业的资金成本。由于超过金融机构贷款利率水平部分的利息费用不得在所得税前扣除，因此农产品加工企业承担着比其他企业更高的财务费用，增加了企业的负担。

(3)税率优惠不合理。现行企业所得税优惠政策多体现在区域性优惠上，对农业产业方面的优惠政策很少。在优惠形式上，多体现直接优惠，对间接优惠很少使用。在税率形式上，内资企业的法定税率是33%，但对年应纳税所得额在3万元至10万元（含10万元）和3万元以下（含3万元）的纳税人，分别采用27%和18%的二档照顾性税率征收，这样就形成了三级全额累进税率。[23]但这一优惠税率与现行国际上通行的标准相比仍然偏高。全额累进税率由于存在着因转换级次而额外增加税负的固有矛盾，会使得临界点附近税负增长过快，导致应纳税所得额在3万元或10万元左右的纳税人企业所纳税款的巨大悬殊，产生了严重的税负不公，从而在一定程度上限制了盈利水平较低的农产品加工企业的发展，抵消了低税率的作用。

(4)核定征收面过于宽泛。《中华人民共和国税收征收管理法》第三十五条规定了在几种特定情况下，税务部门可以采用核定征收的办法征收税款。在企业所得税方面，税务部门都是按照国家税务总局《关于印发<核定征收企业所得税暂行办法>的通知》（国税发[2000]38号）制定的应税所得率，根据纳税人纳税年度内的收入总额或成本费用等项目的实际发生额，按预先核定的应税所得率来计算应征的企业所得税。实际工作中税务机关因受征收能力的限制，有时是为了税收任务的完成，而大多采用核定征收办法。由于暂行办法中制定的应税所得率对农产品加工行业来说明显偏高，影响了农产品加工企业的发展。

3. 关税政策中存在的问题

(1)我国目前对出口的农产品，实行依5%或13%的退税率予以退还增值税。由于我国的农业税不属于规范的商品及劳务税目，对进口的农产品，国家除征收13%的增值税外，无法再征收相当于国内农产品承担的农业税负的某种形式的税收；对出口的农产品，国家除按现行退税率予以退还增值税外，也无法将农产品承担的农业税退还给农民。因此，我国农产品在价格形成机制上就先天不足，本来劳动生产率就远远低于发达国家，不但不能享受发达国家农业生产者享受的优厚补贴，还要承担农业税及农业生产资料所含的税收，从而进一步削弱了我国农产品的竞争力。

(2)我国的出口农产品价格中带有部分应退而未退的增值税款。我国现行增值税对生产企业的出口产品一律采用“免、抵、退”[24]的出口退税办法，依据特定的出口退税率来计算实际的应退税额。近年来，国家出于鼓励出口的需要,已把退税率逐步分别提高，但仍低于一般产品的法定税率。同时因我国实行的是生产型增值税，产品生产中消耗使用的固定资产进项税额得不到抵扣，以及其中的劳务服务是缴纳营业税的，出口农产品中包含的农业生产者提供的劳务服务价格缴纳的营业税也不能抵扣。出口产品增值税的实际退税额低于已征税额，价格中带有部分应退而不能退还的增值税款，不利于我国农产品在国际市场中的竞争。

而在初级农产品出口中又出现相反的情况，部分企业从未缴纳过增值税，按现行出口退税政策却应给予大额退税。如目前地方肉类加工企业自营出口量日益加大，这些企业如前面分析的原因存在大量的增值税留抵税额，出口时就应当给予大量退税，给国税部门带来了困扰。企业进项税额的计算依据是自行填开的农产品收购发票，其真实性难以核实，难以确定退税与否，难以界定错退或迟退的责任；同时由于地方政府基本上没从这些企业得到税收利益，根据现行的退税体制，极不愿意承担应由地方财政负担的退税资金。

(3)对进口农产品实行的增值税政策缺乏稳定性。我国从1994年起，将增值税征收范围扩大到所有国产和进口商品，并越来越多地用差别税率来管理进出口数量。除了将增值税返还用于刺激出口外，其返还和豁免还用于管理进口，为某些产品的进口提供刺激或设置障碍。

(4)城建税没有列入退税范围，出口退税不完整。我国出口退、免税的税种只有增值税和消费税，不包括城建税。而依据WTO规则，退免的间接税还包括销售税、执照税、营业税、印花税、特许经营税等。我国目前随同增值税、消费税、营业税等三税征收的城市维护建设税，实质是增值税等税种的附加税，属于WTO所称的间接税，因此我国的出口退税是不完整的。应该把随同增值税等三税征收的城建税列入退税范围。

综上所述，我国现行的农产品进出口税收制度在某种程度上不仅不能适应全球经济一体化的要求，与国际税收制度接轨，而且影响了我国农产品的国际竞争力，制约了我国农业比较优势的发挥，阻碍了农产品加工业的发展。

（三）完善我国农产品加工业税收政策建议

促进农产品加工业的发展，需要制定一定的税收优惠政策。但要正确运用税收调节手段，充分发挥税收杠杆对经济的调控作用，就必须建立起促进农产品加工业发展特点的税收调节机制。这种调节机制不仅应当立足于现实的农产品加工业基础，而且应当着眼于农产品加工业发展的广阔前景和国民经济的总体战略要求。

在遵循上述基本原则的前提下，为扶持农产品加工业的发展，应努力完善相关税种设计，调整完善相关税收制度，着力构建促进农产品加工业发展的税收政策。

1．完善增值税制度

国家调整增值税一般纳税人购进农业生产者销售的免税农产品的进项税额抵扣率，目的在于减轻农产品加工企业的税收负担，促进农产品经营及加工行业的发展，通过提高企业效益，拉动市场需求，实现农业增效，农民增收的目的。但事实上，由于现行税制上存在的问题，这一政策并没有使农民成为真正的受惠者，国家税收也遭受了巨大损失。为维护正常的税收秩序，促进市场公平竞争，妥善解决农产品经营及加工行业长期零、负、低申报问题，建议对现行增值税政策适时予以调整，具体政策建议如下：

(1)改革农产品收购凭证的抵扣条件或方式。改购进扣税法为实耗扣税法。实耗扣税法就是纳税人当月允许抵扣进项税额的农产品不以收购金额为准，而以当月生产领用原材料实际耗用的金额为准，纳税人的其它成本仍以合法抵扣凭证为准。即对购进的农产品，其进项税额申报抵扣的时间不是在购进入库时，而是在领用消耗时，根据领用原材料的多少进行申报抵扣。其计算公式为：纳税人当月申报抵扣的农产品进项税额=当期准予扣除的外购农产品买价÷[1-13%]×13%。当期准予扣除的外购农产品买价为当期领用消耗原材料的贷方金额。纳税人购进时将计提的农产品进项税额列入“待扣税金----农产品待抵扣税金”科目，实际抵扣时，按当月实际耗用的农产品成本计算出应抵扣的进项税额，从“待扣税金----农产品待抵扣税金”转入“应交税金----应交增值税（进项税额）”科目。在这种方法下，农产品收购凭证不再是纳税人计提进项税额的依据，而只是一种普通的购货付款凭证，这样不仅有利于从根本上解决收购发票管理难的问题，有效控制虚假申报，避免纳税人一方面抵扣税款，另一方面不计提销项税的双向逃税行为，而且有利于农产品加工行业的税款均衡入库。

(2)调整农产品进项税抵扣率。这有两种方法可供选择。一是降低抵扣率，将现行的13%的抵扣率调整为11.5%。这是因为：在平价进平价销的情况下，依11.5%的抵扣率计算得出的进项税额[买价×11.5%]与销项税额[卖价/（1+13%）×13%]基本相等，原材料成本 [买价×（1-11.5%）]和主营业务收入 [卖价/（1+13%）]基本相等。根据增值税相关原理，要使企业增值而有税交，抵扣率就不能高于这个临界点。二是改变计算方法，将农产品收购环节进项税额的计算公式由不含税价改为含税价。也就是不再按［进项税额＝买价×13%］的公式计算，而改按[进项税额＝买价÷（1+13%）×13%]的公式计算抵扣进项税额。因此，要想从根本上扭转税负倒挂、企业有利润而无增值税可交的局面，就必须要适当调整进项税抵扣率。

 (3)将自产农产品纳入增值税的征税范围。由于农业生产者在生产农产品的过程中要投入一定的农业生产资料(化肥、农药、种子、薄膜等)、固定资产以及农民自己的大量劳务，农业生产者已经承担了相当多的增值税进项税额，而这些进项税额又难以凭有效凭证在销售农产品过程中予以抵扣。因此，建议在农业生产者销售自产的农产品环节，按销售额乘以17%的税率来确定其增值税销项税额，再按销售额乘以税法确定的计算扣除率来确定其进项税额，从而得出其应缴增值税，并由农产品收购单位代扣代缴。由于农业税和农产品增值税改革应该是同步协调进行的，特别是现在已取消了农业税，因此对农民销售自产农产品增值税计算扣除率的确定，也应在几年内逐步提高到位；具体的计算扣除率由国家根据财力水平和农民承受能力确定，最高可达17%，即实际对农民销售农产品不征增值税。

(4)对农产品加工企业适用消费型增值税。为调整产品结构，适应市场需求，农产品加工企业生产用设备需要经常更新，从而导致投资额度逐年增长。特别是在农产品深加工环节，企业为增加农产品的附加值，需要一些专用的设备工艺来对产品进行提纯、脱脂等处理，需要大量的资金进行固定资产投资。而现行的税收政策又不允许抵扣固定资产的进项税额，从而增加了农产品加工企业的税收负担。特别是在现阶段举国上下都在大力加强新农村建设的背景下，对农产品加工企业适用消费型增值税是现实的选择。考虑到生产设备投资额度较大及各地地方政府的财政承受能力，可采取分5年按20%的比例逐年抵扣的办法。

(5)适当降低农产品加工行业中的小规模纳税人的征收率。对小规模纳税人实行6%的征收率(商业后来降为4%)，是适应当时税制改革时的形势需要的，但现在税制改革已经过去十多年了，客观形势都已发生了显著的变化。为此鉴于相当一部分按6%或4%的税负征税的从事农产品加工、购销的小规模纳税人，其实际税负超过一般纳税人的税负，从公平税负的角度出发，应适当地降低这部分小规模纳税人的税负，如将工业降低为3%，商业降低为2%，使其接近或等于一般纳税人的实际税负。

(6)对农产品加工企业实行增值税即征即退政策。国家为了鼓励软件产业和集成电路产业发展，规定“对增值税一般纳税人销售其自行开发生产的软件产品，按17%的法定税率征收增值税后，对其增值税实际税负超过3%的部分实行即征即退政策。”[25]对农产品加工企业也可以参照这一规定，制定相应的税收优惠政策。因此建议，经省级人民政府认定，对于农产品加工型的龙头企业按13%(或17%)税率征收增值税后，对其增值税实际税负超过2%的部分，实行即征即退政策。这类企业的基本条件是能带动农户生产，并与农户建立利益共享机制。在目前税制较为稳定的前提下，应给予地方政府一定的税收政策调整权，以利于地方政府根据区域经济的发展状况利用税收手段调控经济结构。

2．完善企业所得税制度

企业所得税优惠政策是产业结构调整最为重要的手段之一。改革和完善企业所得税制应该按照公平课税理论的公平原则，加快内外资企业所得税的合并，建立统一的法人所得税制度；本着“拓宽税基、降低税率、减少优惠、基本保持现行总体税负”的原则调整所得税比例税率，；减少优惠，构建法人所得税和个人所得税两税互相配合、统一协调的所得税制度，以体现所得税量能负担的政策精神。具体政策建议如下:

(1)统一内外资企业所得税，建立法人所得税制。首先应尽早统一内外两套企业所得税制，对内外资企业，都适用统一的纳税人认定方法，统一的税基，统一的所得税计算方法，改变国内企业的“亚国民”待遇，增加企业在国际市场上的竞争力，堵塞由于两套税制而导致的税收管理上的漏洞。从而理顺税收法律关系，提高税制的规范性和透明度，建立法人所得税和个人所得税协调配合的所得税税制结构，这也是大多数国家普遍的做法。将于2008年开始正式施行的《中华人民共和国企业所得税法》有望实现这个目的。

(2)统一税收优惠政策。逐步改革原来以投资来源和地域区别为主的优惠政策，制定以产业导向为目标的政策标准，同时辅之以协调区域经济发展的目标。将内外资企业置于市场经济同等的外部条件下，开展平等竞争，政府根据经济发展的需要，运用税收优惠政策，鼓励投资或实行产业引导，将资金引向农产品加工行业，从而促进农产品加工业的发展。

(3)税收优惠形式多样化。农产品加工业应采取直接优惠与间接优惠相结合，以间接优惠为主的优惠形式。我国现行内外资企业所得税税收优惠的方式，都比较侧重于采取降低税率以及减少或豁免应纳税额的直接优惠方式。这种优惠的弊端，在于既直接减少了政府的税收收入，增加了税收成本；又不利于适应企业的不同情况，促进其技术更新和扩大再生产。因此在农产品加工行业，今后应宜更多地采用一些诸如加速折旧、投资抵免、科技开发费用加计扣除等这类宽免税基的间接优惠方式，使一部分税收优惠来源于企业本身增资所增加的利润。

(4)规范税前扣除项目。两税合并后，税前扣除项目应该适应现代企业制度和技术进步的要求，充分体现对纳税人在劳动、资本、技术和风险等方面的补偿。具体包括:

一是取消计税工资的限制。工资及福利费用是农产品加工企业的主要成本项目，工资支付的越多，应该在职工依法缴纳个人所得税、各种资料和完税凭证齐全的条件下，取消计税工资的限制，据实列支工资性支出。

二是放宽利息费用的列支限制。取消只准按国家银行货款利率标准支付利息的限制，积极鼓励农产品加工企业提高自身融资水平，对他们只要是在不违反现行法律、行政法规的融资利息支出，都应准予据实税前列支。

 (5)坚持以查账征收方式为主，定率或定额征收方式为辅。查账征收方式是一种依法、科学、有效的税收征管手段。在企业所得税征管方面应逐步扩大查账征收范围，缩小定率或定额征收面。特别是对农产品加工业而言，国家税务总局《关于印发<核定征收企业所得税暂行办法>的通知》（国税发[2000]38号）制定的应税所得率，对工业适用7%--20%的应税所得率，农产品加工行业就是按最低的7%来计算，与实际情况相比仍然明显偏高，不利用其发展成长。再就是农产品加工企业大多是增值税一般纳税人，其财务核算水平比较健全，一定要采用查账征收企业所得税的方式。对那些规模较小(如小规模纳税人)，无法体现盈亏的小企业，仍可采用定期定率或定期定额的征收方式，但要严格控制，促使这些企业建立健全财务核算水平，逐步取消定率或定额征收方式，消除定率或定额征收方式给税收征管带来的负面影响。

3．完善进出口税收制度

(1)改革农产品进出口与国内市场购销两条线运行的体制。将农产品进出口税收纳入农产品增值税体系，解决增值税管理部门对对外贸易及进出口税收不熟悉，进出口税收管理部门对增值税相关政策不太了解的问题，形成取长补短、优势互补的“一条线”运行格局。理由之一是出口退税电子系统与金税工程系统整合已经实施，购进、出口、退税信息已经实现共享，不仅节约了税收成本，而且提高了工作效率，加快了出口退税的步伐，促进了对外贸易的持续、稳定发展。理由之二是符合加强农产品增值税管理的要求，只有统一管理，才能了解出口企业、出口供货企业、购买原辅材料企业税源的动态和静态变化情况，通过采取针对性措施，形成全环节防范出口骗税的机制。

(2)实行对农产品进口全额征税和对出口彻底退税的办法。进口农产品由海关按13%或17%的税率足额征收，逐步与国际惯例接轨，取消对外贸易的壁垒。对出口农产品，在简化“免、抵、退”税体制的基础上，实施100%的退税，使出口农产品在无税情况下参与国际市场竞争，促进农业品出口产品的换代升级，逐步成为国民经济支柱产业之一。

(3)对出口农产品实行零税率政策。加入WTO后，我国农业将面临严峻考验。为了提高我国农产品在国际开放市场中的竞争力及加入WTO后的应变能力，考虑到WTO允许对出口货物实行零税率、发达国家对农产品进行财政补贴及我国农产品出口退税率较低的实际情况，我国应对出口农产品实行零税率政策。

(4)对于符合国家高新技术目录和国家有关部门批准引进项目的农产品加工设备应免征进口关税和进口环节增值税。

特别说明，在当前增值税未转型的情况下，要通过进口征税和出口退税，达到国内农产品与国外农产品基本相同的竞争力，不太可能。从这个意义上讲，增值税转型应全面展开。此外，还可以对进口农产品加高技术壁垒以弥补税收调节之不足。