党的十六届五中全会提出“实行工业反哺农业、城市支持农村”这一宏观政策以来，税收最直接的反映就是从2006年1月1日起废止农业税，国家通过税收这个经济杠杆，加快了公共财政覆盖农村，工业反哺农业，重视农民权利保障的步伐，全国农业结构也得到稳步调整，农村经济得到稳步发展，农民收入得到稳步增加。但目前，农业依然是国民经济发展的薄弱环节，投入不足，基础脆弱。农民增收困难仍然很严重。同时，随着二元经济的变化，税收制度也出现了一些弊端，特别是流转税中的农业产品的征免、抵扣已不适应新的市场经济。这些问题不仅影响农民生活水平的提高，而且影响着粮食生产和农产品供应，制约着农村经济和整个国民经济的进一步发展。
一、现行工业反哺农业税收政策存在的问题
（一）所得税优惠政策有待改进
1、现行企业所得税优惠政策基本上是依据财税[1994]001号文规定延续下来的。其中，规定对农村的为农业生产的产前、产中、产后服务的行业暂免征所得税；乡镇企业可按应缴税款减征10%。目前,经济性质随着经济多元化的发展，以乡镇企业、农村经济性质为主体的企业越来越少，责任公司、有限公司、独资企业遍地开花，这些公司若为农业生产服务是否同样享受税收优惠待遇？
2、取消农业税后，凡其经营项目属于农业税、牧业税的个体工商户或个人的个人所得税是否继续免征？同时,对市场内销售自产农产品的农民免征个人所得税,税务机关难于把握。一般而言，为了节省人力、物力、财力，农民很少直接进入市场，都是通过中间商、小商贩投入市场，这些个人是否是农民、是否是自产农产品，给税务干部出了难题，不能举证的就应该免征，人为地给税务干部造就一定的涉税风险。
（二）农业产品范围、抵扣有待进一步改进
1、农业产品范围需要重新调整。财税[1995]52号文件发布了“农业产品征税范围注释”，对农业产品进行了统一界定，十年过后，随着经济发展，有些农业产品已体现不了税收作为调节社会收入重新分配的杠杆作用，制约了农村经济的发展。如：苗木、花卉类未排除盆景、根雕等珍稀类，动物未排除宠物类，一棵树、一条鱼的价格接近甚至超过一辆车的价格，但仍然可以按农业产品对待；二是在工序上实行差别优惠，已不适应新形式下经济发展，在当前竞争机制下，任何一个产品为了生存，都要精益求精，逐步由“精加工”代替“粗加工”。如茶叶，精加工不属于农产品，征税，粗加工就属于农产品免税有点强词夺理。
2、农产品收购发票开具对象限制过多，限制了农产品流通渠道的拓宽。农产品收购发票仅限于企业向农民个人收购农产品时使用，而客观实际上，企业所收购的极大部分农产品是通过商贩来实现的。这些靠微利生存的商贩若征税，一方面税务机关难以举证，另一方面会退出贩销，从而农民农产品销售难的问题将会日益突出，制约了农产品流通渠道的进一步拓宽。
3、农业产品抵扣率设置障碍。目前按含税价13%计算抵扣进项税不符合增值税设计原理，因销售价是不含税价，若企业购、销均为农业产品就会导致没有应交税金，反而留底税额。
二、措施和建议
（一）建立支持农业发展和农民增收的长效机制。免除农业税仅是财政解决“三农”问题的第一步，要积极巩固税费改革的成果，建立支持农业发展和农民增收的长效机制，做到“两个不少于”，即下一年农业的投入不得少于上一年的农业投入，国家财政对农业投入的增长不少于财政收入增长幅度。
（二）积极发展农村工业基础、土特产基地，形成企业连基地、基地连农户的格局。企业特别是龙头企业、产业企业是实现农业产业化的关键，农村工业基础、土特产基地可以满足这些企业的货源，从而企业与农民建立稳定的经济关系，形成利益共同体，这种格局，就会带动农业的企业化、集约化和产业化，农业经济就会快速发展，农民就会随着收入增长而富裕，农村就会繁荣。因此，各级政府、职能部门要把发展农村工业基地、土特产基地作为一个带有方向性的战略重点来部署，实现工业反哺农业经济战略。同时，要加大对劲农业产业化企业的扶持扶持力度，切实有效地落实重点龙头企业的税收优惠政策，加大对企业的财政贴息支持力度
（三）改进现有税收制度，用足用活涉农税收政策。一是要审时度势，逐步调整城乡税制。农业税废止后，中国在税制上已经出现了统一税制的开端。新的城乡税制应该体现“工业反哺农业、城市支持农村”的思路，是一个以减轻农民负担为前提的税制，这个税制不是一蹴而就，而是要作为一个战略部署，在新的二元经济基础上改革探索完善。二是扩大享受所得税优惠政策范围。对各种投资主体无论是乡镇企业，还是责任公司只要是为农村经济服务的，都可以享受所得税税收优惠待遇，以整合要素资源，以工业化发展促进城镇化，市场化，推动农业现代化，实现工业反哺农业战略方针。三是调整农业产品征收范围。对简单加工，且在日常操作中难以划分的产品，且涉及面不大，对税收收入影响也不大，可以视同农产品享受优惠政策。而对那些利润空间高，附加值高的产品（如珍稀类、宠物类），排除农业产品范畴。这样，对生产经营农业初级产品的经营户会起到积极推动作用。同时，放宽农产品收购抵扣政策尺度。除一般纳税人和小规模纳税人外，都允许为其开具农产品收购单，收购企业据此可以抵扣。并将农产品收购凭证统一纳入“四小票”管理。纳入防伪税控监控系统。四是凡是销售农业产品不管是农民、个人（单位除外）都可以享受农产品优惠。同时，对农产品范围采取列举法，便于税务干部日常操作。
（四）大力开展税收政策宣传。各级税务机关要从践行“三个代表”思路出发，深刻领会中央 精神，在依法治税的前提下，贯彻落实好各项涉农税收优惠政策，要向当地党政领导汇报，阐明落实优惠政策与保持税收增长的关系和落实税收优惠政策对增加农民收入的重要意义，取得当地党政领导的支持；要使广大税务干部和农民全面掌握和了解各项涉农优惠政策，努力做到家喻户晓、人人皆知。
（五）搞好相关涉农配套措施。一是加大农村公共服务支持力度，主要是教育问题，有相当一部分（特别是贫困地区）的孩子没钱读书；同时，农民看不起病也是老生常谈，农村保健体制、基础设施都是急需解决的难题。二是改“以农养政”的乡政体制，减少向农民收取的各种税费。三是加大农用生产资料补贴、信贷服务和价格支持，降低农业生产成本，提升农业现代化水平，
总之，工业反哺农业是一个循序渐进的过程，农民增收致富，必须把资源优势转化为经济优势，而这种转化离不开工业，更需要政策扶持，因此，如何确定科学合理税收制度，对于促进农业资源优化配置、农业产业结构调整、农民增收、财政增效、国家增税都具有十分重要的意义。
